-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 27
Commit
This commit does not belong to any branch on this repository, and may belong to a fork outside of the repository.
- Loading branch information
1 parent
7554615
commit 22b7de9
Showing
1 changed file
with
147 additions
and
0 deletions.
There are no files selected for viewing
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -0,0 +1,147 @@ | ||
| # 生信爱好者周刊（第 144期） | ||
|
|
||
| 这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。 | ||
|
|
||
| 本杂志开源（GitHub: [openbiox/weekly](https://github.com/openbiox/weekly)），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。 | ||
|
|
||
| [「生信周刊讨论区」](https://github.com/openbiox/weekly/discussions) | ||
|
|
||
| ## 封面图 | ||
|
|
||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
|
|
||
| ## 本周话题：[物理诺贝尔奖为何颁给了 HNN 之父和深度学习之父？](https://mp.weixin.qq.com/s/AuCeGzKNZpidGCL4ETi8aA) | ||
|
|
||
| 就在几天前，瑞典皇家科学院决定将 2024 年诺贝尔物理学奖授予约翰·J·霍普菲尔德 (John J. Hopfield) 和杰弗里·E·辛顿 (Geoffrey E. Hinton)，以“表彰他们通过人工神经网络实现机器学习的基础性发现和发明”。这一消息马上就引起网友热议，就连得奖者Hinton表示，这也太突然了。诺奖官方随后解释道：“今年物理学奖得主的突破建立在物理科学的基础上”。 | ||
|
|
||
| @Wangcy-rachel AI的最初开创，包含了许多物理学的核心思想。如今AI已经应用到我们科研和生活的方方面面，影响深远。物理诺贝尔奖颁给了HNN 之父和深度学习之父，不仅是因为AI的最初开发与物理学关系紧密，而且是因为AI带来的广泛、多领域的深远影响。 | ||
|
|
||
|
|
||
|
|
||
| ## 生信研究 | ||
|
|
||
| 1、[Cell｜樊荣团队开发全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术](https://mp.weixin.qq.com/s/SWI4JqjkG9q6vlQs4Iz-cw) | ||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
| 2024年9月30日，耶鲁大学樊荣团队的白志亮博士等在Cell杂志上报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术——Patho-DBiT。该平台巧妙地利用FFPE样本中自然发生的RNA片段化，向广泛多样的RNA分子原位添加poly(A)尾，结合微流控条形码标记和算法创新，成功实现了对临床存档FFPE组织的全覆盖、逐碱基的空间全转录组测序。Patho-DBiT通过对完整mRNA、缺失poly(A)尾的片段化mRNA、各类大/小非编码RNA、剪接异构体以及携带单核苷酸变异（SNV）的前体RNA进行空间条形码标记，精确解码了FFPE复杂组织中丰富的RNA生物学信息，包括单细胞级mRNA图谱、非编码RNA表达、可变剪接、遗传变异、microRNA调控及RNA动态变化等。 | ||
|
|
||
| - 论文链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01019-5 | ||
|
|
||
| 2、[8 x nature | 首个成年果蝇全脑连接组](https://mp.weixin.qq.com/s/H5YlDSwvOfkxcoRb4LPOjA) | ||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
| 近日，FlyWire联盟等在*Nature*连发8篇论文，详细描述首个成年果蝇全脑连接组，并通过模拟与实验展示了它如何帮助人们形成新猜想，进而解析关键功能背后的神经环路机制。 | ||
|
|
||
| - 论文链接：https://www.nature.com/collections/hgcfafejia | ||
|
|
||
| 3、[The Innovation Life|医学数据计算建模：从数据采集到知识挖掘](https://mp.weixin.qq.com/s/-sKXjWmS-o6gGeJPb2raDA) | ||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
| 文章从数据的采集、存在的挑战、计算建模、高性能计算到未来展望等几个方面展开进行全面的综述。比如在高性能计算方面，对并行计算、云计算、AI计算、边缘计算等几个方面都进行讨论。 | ||
|
|
||
| - 论文链接：https://www.the-innovation.org/article/doi/10.59717/j.xinn-life.2024.100079 | ||
|
|
||
| ## 博文资讯 | ||
|
|
||
| 4、[从AI的角度谈早期药物研发数据科学](https://mp.weixin.qq.com/s/DN_5aqAqIzB3ZklqgNMFHQ) | ||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
| 最近，多所大药企和知名大学在nature子刊联合发表了关于早期药物研发数据科学的文献综述，报告了数据科学的经验指南。文章中，作者提出了数据管理和数据科学建议，以帮助实现人工智能在该领域的潜力。 | ||
|
|
||
| - 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-49777-x | ||
|
|
||
| 5、[基因组数据处理小技巧](https://divingintogeneticsandgenomics.com/post/genomic-interval/?ck_subscriber_id=2105433013&utm_source=convertkit&utm_medium=email&utm_campaign=Resending%20with%20real-world%20examples:%20You%20need%20to%20master%20this%20if%20you%20deal%20with%20genomics%20data%20-%2015087044) | ||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
| 该博文提出了一些关于解决基因组区间（Genomic Intervals）相关问题的方法。 | ||
|
|
||
| 6、[人基因组测序，平均覆盖度为啥要30×吗？](https://mp.weixin.qq.com/s/d_YUPG35cYDMNDJazxVSYQ) | ||
|
|
||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
|
|
||
| 在对人类全基因组进行测序时，需要 30 ×的平均基因组覆盖率才能使局部碱基覆盖率大于 15 ×，这样才能准确检测出同源变异和异源变异。 | ||
|
|
||
| ## 工具 | ||
|
|
||
| 7、[wget包｜让R使用断点续传](https://mp.weixin.qq.com/s/6ShcLvGtBsuiJwFVPUHj4g) | ||
|
|
||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
|
|
||
| 安装包有时候是个费劲的时，特别是一遍又一遍的下载安装，推荐新手朋友们使用。 | ||
|
|
||
| 8、[SignalingProfiler2.0 | 网络连接多组学数据与表型特征](https://mp.weixin.qq.com/s/2GIbMEXPAHqk7pWmF6DqMg) | ||
|
|
||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
|
|
||
| 揭示细胞信号转导在受到干扰后如何重塑，对于理解疾病机制和识别潜在药物靶点至关重要。 | ||
| SignalingProfiler 2.0结合蛋白基因组数据与先验知识因果网络，推导出特定情境下的信号传导网络。该工具自由访问且灵活，结合了统计学、足迹分析和图算法，加速了多组学数据的整合与解读。 | ||
|
|
||
| - GitHub：https://github.com/SaccoPerfettoLab/SignalingProfiler | ||
|
|
||
| 9、[GenomeSyn 插件 | 快速轻松展示两个基因组组装的差异情况](https://mp.weixin.qq.com/s/5axLWPBA1FPSoWatfQ04CA) | ||
|
|
||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
|
|
||
| GenomeSyn是一种用于基因组同一性和结构变异分析的生物信息学可视化工具，填上Mummer 插件上输入和输出的结果，调整sort参数选项，就可以得到可视化结果。 | ||
|
|
||
| - GitHub：https://github.com/JM-SONG/GenomeSyn/ | ||
|
|
||
| ## 资源 | ||
|
|
||
| 10、[生物信息学期刊2024更新版](https://mp.weixin.qq.com/s/s1t3NUY1e4ZHHloTrEpl0w) | ||
|
|
||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
|
|
||
| 文中列举了2024年的可投稿的生物信息学期刊及其分区，推荐给需要生信选刊的朋友们。 | ||
|
|
||
| 11、[2024 年 12 个最佳 JavaScript 动画库，为您的 Web 项目提供动力](https://mp.weixin.qq.com/s/IsD0a7B-fAVWeSpwzz0kgg) | ||
|
|
||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
|
|
||
| 文中推荐了12 个方便有用的JavaScript 动画库，可以将绘制动态的、引人注目的动画，使Web项目更加丰富多彩。 | ||
|
|
||
| ## 贡献者（GitHub ID） | ||
|
|
||
| 「Openbiox 生信周刊」运维小队： | ||
|
|
||
| - `@ShixiangWang`（王诗翔） | ||
| - `@kkjtmac`（阚科佳） | ||
| - `@NiEntropy`（赵启祥） | ||
| - `@He-Kai-fly`（何凯） | ||
| - `@JnanZhang`（张佳楠） | ||
| - `@Tomcxf`（陈啸枫） | ||
| - `@wangdepin`（王德品） | ||
| - `@kongjianyang`（空间阳） | ||
| - `@donghongyu2020`（董弘禹） | ||
| - `@DrRobinLuo`（罗鹏） | ||
| - `@Wangcy-rachel` - 王春阳 | ||
| - `@zoe3251` - 舒晨阳 | ||
|
|
||
| ## 订阅 | ||
|
|
||
| 这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「优雅R」（elegant-r）上。 | ||
|
|
||
| 微信搜索“优雅R”或者扫描二维码，即可订阅。 | ||
|
|
||
|  | ||
|
|
||
| （完） |