forked from wangzhen89/survival
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
B.html
819 lines (674 loc) · 39.4 KB
/
B.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<meta charset="utf-8">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no">
<title>B 额外数据集 | 医学研究中的生存数据建模</title>
<meta name="author" content="Wang Zhen">
<meta name="description" content="本附录包含若干数据集以及一些分析建议。这些数据集可从出版商的网站下载，其链接在前言中给出。 B.1 慢性活动性肝炎 在 Kirk et al.(1980) 描述的一项临床试验中，44 名慢性活动性肝炎患者被随机分配到泼尼松龙药物治疗组或未治疗的对照组。患者入组后的生存时间（以月为单位）是感兴趣的响应变量。这些数据由 Pocock (1983) 给出，并在表 B.1 中列出。 表 B.1...">
<meta name="generator" content="bookdown 0.38 with bs4_book()">
<meta property="og:title" content="B 额外数据集 | 医学研究中的生存数据建模">
<meta property="og:type" content="book">
<meta property="og:description" content="本附录包含若干数据集以及一些分析建议。这些数据集可从出版商的网站下载，其链接在前言中给出。 B.1 慢性活动性肝炎 在 Kirk et al.(1980) 描述的一项临床试验中，44 名慢性活动性肝炎患者被随机分配到泼尼松龙药物治疗组或未治疗的对照组。患者入组后的生存时间（以月为单位）是感兴趣的响应变量。这些数据由 Pocock (1983) 给出，并在表 B.1 中列出。 表 B.1...">
<meta name="twitter:card" content="summary">
<meta name="twitter:title" content="B 额外数据集 | 医学研究中的生存数据建模">
<meta name="twitter:description" content="本附录包含若干数据集以及一些分析建议。这些数据集可从出版商的网站下载，其链接在前言中给出。 B.1 慢性活动性肝炎 在 Kirk et al.(1980) 描述的一项临床试验中，44 名慢性活动性肝炎患者被随机分配到泼尼松龙药物治疗组或未治疗的对照组。患者入组后的生存时间（以月为单位）是感兴趣的响应变量。这些数据由 Pocock (1983) 给出，并在表 B.1 中列出。 表 B.1...">
<!-- JS --><script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/clipboard.js/2.0.6/clipboard.min.js" integrity="sha256-inc5kl9MA1hkeYUt+EC3BhlIgyp/2jDIyBLS6k3UxPI=" crossorigin="anonymous"></script><script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/fuse.js/6.4.6/fuse.js" integrity="sha512-zv6Ywkjyktsohkbp9bb45V6tEMoWhzFzXis+LrMehmJZZSys19Yxf1dopHx7WzIKxr5tK2dVcYmaCk2uqdjF4A==" crossorigin="anonymous"></script><script src="https://kit.fontawesome.com/6ecbd6c532.js" crossorigin="anonymous"></script><script src="libs/jquery-3.6.0/jquery-3.6.0.min.js"></script><meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no">
<link href="libs/bootstrap-4.6.0/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
<script src="libs/bootstrap-4.6.0/bootstrap.bundle.min.js"></script><script src="libs/bs3compat-0.7.0/transition.js"></script><script src="libs/bs3compat-0.7.0/tabs.js"></script><script src="libs/bs3compat-0.7.0/bs3compat.js"></script><link href="libs/bs4_book-1.0.0/bs4_book.css" rel="stylesheet">
<script src="libs/bs4_book-1.0.0/bs4_book.js"></script><script>
/* ========================================================================
* Bootstrap: transition.js v3.3.7
* http://getbootstrap.com/javascript/#transitions
* ========================================================================
* Copyright 2011-2016 Twitter, Inc.
* Licensed under MIT (https://github.com/twbs/bootstrap/blob/master/LICENSE)
* ======================================================================== */
+function ($) {
'use strict';
// CSS TRANSITION SUPPORT (Shoutout: http://www.modernizr.com/)
// ============================================================
function transitionEnd() {
var el = document.createElement('bootstrap')
var transEndEventNames = {
WebkitTransition : 'webkitTransitionEnd',
MozTransition : 'transitionend',
OTransition : 'oTransitionEnd otransitionend',
transition : 'transitionend'
}
for (var name in transEndEventNames) {
if (el.style[name] !== undefined) {
return { end: transEndEventNames[name] }
}
}
return false // explicit for ie8 ( ._.)
}
// http://blog.alexmaccaw.com/css-transitions
$.fn.emulateTransitionEnd = function (duration) {
var called = false
var $el = this
$(this).one('bsTransitionEnd', function () { called = true })
var callback = function () { if (!called) $($el).trigger($.support.transition.end) }
setTimeout(callback, duration)
return this
}
$(function () {
$.support.transition = transitionEnd()
if (!$.support.transition) return
$.event.special.bsTransitionEnd = {
bindType: $.support.transition.end,
delegateType: $.support.transition.end,
handle: function (e) {
if ($(e.target).is(this)) return e.handleObj.handler.apply(this, arguments)
}
}
})
}(jQuery);
</script><script>
/* ========================================================================
* Bootstrap: collapse.js v3.3.7
* http://getbootstrap.com/javascript/#collapse
* ========================================================================
* Copyright 2011-2016 Twitter, Inc.
* Licensed under MIT (https://github.com/twbs/bootstrap/blob/master/LICENSE)
* ======================================================================== */
/* jshint latedef: false */
+function ($) {
'use strict';
// COLLAPSE PUBLIC CLASS DEFINITION
// ================================
var Collapse = function (element, options) {
this.$element = $(element)
this.options = $.extend({}, Collapse.DEFAULTS, options)
this.$trigger = $('[data-toggle="collapse"][href="#' + element.id + '"],' +
'[data-toggle="collapse"][data-target="#' + element.id + '"]')
this.transitioning = null
if (this.options.parent) {
this.$parent = this.getParent()
} else {
this.addAriaAndCollapsedClass(this.$element, this.$trigger)
}
if (this.options.toggle) this.toggle()
}
Collapse.VERSION = '3.3.7'
Collapse.TRANSITION_DURATION = 350
Collapse.DEFAULTS = {
toggle: true
}
Collapse.prototype.dimension = function () {
var hasWidth = this.$element.hasClass('width')
return hasWidth ? 'width' : 'height'
}
Collapse.prototype.show = function () {
if (this.transitioning || this.$element.hasClass('in')) return
var activesData
var actives = this.$parent && this.$parent.children('.panel').children('.in, .collapsing')
if (actives && actives.length) {
activesData = actives.data('bs.collapse')
if (activesData && activesData.transitioning) return
}
var startEvent = $.Event('show.bs.collapse')
this.$element.trigger(startEvent)
if (startEvent.isDefaultPrevented()) return
if (actives && actives.length) {
Plugin.call(actives, 'hide')
activesData || actives.data('bs.collapse', null)
}
var dimension = this.dimension()
this.$element
.removeClass('collapse')
.addClass('collapsing')[dimension](0)
.attr('aria-expanded', true)
this.$trigger
.removeClass('collapsed')
.attr('aria-expanded', true)
this.transitioning = 1
var complete = function () {
this.$element
.removeClass('collapsing')
.addClass('collapse in')[dimension]('')
this.transitioning = 0
this.$element
.trigger('shown.bs.collapse')
}
if (!$.support.transition) return complete.call(this)
var scrollSize = $.camelCase(['scroll', dimension].join('-'))
this.$element
.one('bsTransitionEnd', $.proxy(complete, this))
.emulateTransitionEnd(Collapse.TRANSITION_DURATION)[dimension](this.$element[0][scrollSize])
}
Collapse.prototype.hide = function () {
if (this.transitioning || !this.$element.hasClass('in')) return
var startEvent = $.Event('hide.bs.collapse')
this.$element.trigger(startEvent)
if (startEvent.isDefaultPrevented()) return
var dimension = this.dimension()
this.$element[dimension](this.$element[dimension]())[0].offsetHeight
this.$element
.addClass('collapsing')
.removeClass('collapse in')
.attr('aria-expanded', false)
this.$trigger
.addClass('collapsed')
.attr('aria-expanded', false)
this.transitioning = 1
var complete = function () {
this.transitioning = 0
this.$element
.removeClass('collapsing')
.addClass('collapse')
.trigger('hidden.bs.collapse')
}
if (!$.support.transition) return complete.call(this)
this.$element
[dimension](0)
.one('bsTransitionEnd', $.proxy(complete, this))
.emulateTransitionEnd(Collapse.TRANSITION_DURATION)
}
Collapse.prototype.toggle = function () {
this[this.$element.hasClass('in') ? 'hide' : 'show']()
}
Collapse.prototype.getParent = function () {
return $(this.options.parent)
.find('[data-toggle="collapse"][data-parent="' + this.options.parent + '"]')
.each($.proxy(function (i, element) {
var $element = $(element)
this.addAriaAndCollapsedClass(getTargetFromTrigger($element), $element)
}, this))
.end()
}
Collapse.prototype.addAriaAndCollapsedClass = function ($element, $trigger) {
var isOpen = $element.hasClass('in')
$element.attr('aria-expanded', isOpen)
$trigger
.toggleClass('collapsed', !isOpen)
.attr('aria-expanded', isOpen)
}
function getTargetFromTrigger($trigger) {
var href
var target = $trigger.attr('data-target')
|| (href = $trigger.attr('href')) && href.replace(/.*(?=#[^\s]+$)/, '') // strip for ie7
return $(target)
}
// COLLAPSE PLUGIN DEFINITION
// ==========================
function Plugin(option) {
return this.each(function () {
var $this = $(this)
var data = $this.data('bs.collapse')
var options = $.extend({}, Collapse.DEFAULTS, $this.data(), typeof option == 'object' && option)
if (!data && options.toggle && /show|hide/.test(option)) options.toggle = false
if (!data) $this.data('bs.collapse', (data = new Collapse(this, options)))
if (typeof option == 'string') data[option]()
})
}
var old = $.fn.collapse
$.fn.collapse = Plugin
$.fn.collapse.Constructor = Collapse
// COLLAPSE NO CONFLICT
// ====================
$.fn.collapse.noConflict = function () {
$.fn.collapse = old
return this
}
// COLLAPSE DATA-API
// =================
$(document).on('click.bs.collapse.data-api', '[data-toggle="collapse"]', function (e) {
var $this = $(this)
if (!$this.attr('data-target')) e.preventDefault()
var $target = getTargetFromTrigger($this)
var data = $target.data('bs.collapse')
var option = data ? 'toggle' : $this.data()
Plugin.call($target, option)
})
}(jQuery);
</script><script>
window.initializeCodeFolding = function(show) {
// handlers for show-all and hide all
$("#rmd-show-all-code").click(function() {
$('div.r-code-collapse').each(function() {
$(this).collapse('show');
});
});
$("#rmd-hide-all-code").click(function() {
$('div.r-code-collapse').each(function() {
$(this).collapse('hide');
});
});
// index for unique code element ids
var currentIndex = 1;
// select all R code blocks
var rCodeBlocks = $('pre.sourceCode, pre.r, pre.python, pre.bash, pre.sql, pre.cpp, pre.stan, pre.js');
rCodeBlocks.each(function() {
// create a collapsable div to wrap the code in
var div = $('<div class="collapse r-code-collapse"></div>');
if (show)
div.addClass('in');
var id = 'rcode-643E0F36' + currentIndex++;
div.attr('id', id);
$(this).before(div);
$(this).detach().appendTo(div);
// add a show code button right above
var showCodeText = $('<span>' + (show ? 'Hide' : 'Code') + '</span>');
var showCodeButton = $('<button type="button" class="btn btn-default btn-xs code-folding-btn pull-right"></button>');
showCodeButton.append(showCodeText);
showCodeButton
.attr('data-toggle', 'collapse')
.attr('data-target', '#' + id)
.attr('aria-expanded', show)
.attr('aria-controls', id);
var buttonRow = $('<div class="row"></div>');
var buttonCol = $('<div class="col-md-12"></div>');
buttonCol.append(showCodeButton);
buttonRow.append(buttonCol);
div.before(buttonRow);
// update state of button on show/hide
div.on('hidden.bs.collapse', function () {
showCodeText.text('Code');
});
div.on('show.bs.collapse', function () {
showCodeText.text('Hide');
});
});
}
</script><script>
/* ========================================================================
* Bootstrap: dropdown.js v3.3.7
* http://getbootstrap.com/javascript/#dropdowns
* ========================================================================
* Copyright 2011-2016 Twitter, Inc.
* Licensed under MIT (https://github.com/twbs/bootstrap/blob/master/LICENSE)
* ======================================================================== */
+function ($) {
'use strict';
// DROPDOWN CLASS DEFINITION
// =========================
var backdrop = '.dropdown-backdrop'
var toggle = '[data-toggle="dropdown"]'
var Dropdown = function (element) {
$(element).on('click.bs.dropdown', this.toggle)
}
Dropdown.VERSION = '3.3.7'
function getParent($this) {
var selector = $this.attr('data-target')
if (!selector) {
selector = $this.attr('href')
selector = selector && /#[A-Za-z]/.test(selector) && selector.replace(/.*(?=#[^\s]*$)/, '') // strip for ie7
}
var $parent = selector && $(selector)
return $parent && $parent.length ? $parent : $this.parent()
}
function clearMenus(e) {
if (e && e.which === 3) return
$(backdrop).remove()
$(toggle).each(function () {
var $this = $(this)
var $parent = getParent($this)
var relatedTarget = { relatedTarget: this }
if (!$parent.hasClass('open')) return
if (e && e.type == 'click' && /input|textarea/i.test(e.target.tagName) && $.contains($parent[0], e.target)) return
$parent.trigger(e = $.Event('hide.bs.dropdown', relatedTarget))
if (e.isDefaultPrevented()) return
$this.attr('aria-expanded', 'false')
$parent.removeClass('open').trigger($.Event('hidden.bs.dropdown', relatedTarget))
})
}
Dropdown.prototype.toggle = function (e) {
var $this = $(this)
if ($this.is('.disabled, :disabled')) return
var $parent = getParent($this)
var isActive = $parent.hasClass('open')
clearMenus()
if (!isActive) {
if ('ontouchstart' in document.documentElement && !$parent.closest('.navbar-nav').length) {
// if mobile we use a backdrop because click events don't delegate
$(document.createElement('div'))
.addClass('dropdown-backdrop')
.insertAfter($(this))
.on('click', clearMenus)
}
var relatedTarget = { relatedTarget: this }
$parent.trigger(e = $.Event('show.bs.dropdown', relatedTarget))
if (e.isDefaultPrevented()) return
$this
.trigger('focus')
.attr('aria-expanded', 'true')
$parent
.toggleClass('open')
.trigger($.Event('shown.bs.dropdown', relatedTarget))
}
return false
}
Dropdown.prototype.keydown = function (e) {
if (!/(38|40|27|32)/.test(e.which) || /input|textarea/i.test(e.target.tagName)) return
var $this = $(this)
e.preventDefault()
e.stopPropagation()
if ($this.is('.disabled, :disabled')) return
var $parent = getParent($this)
var isActive = $parent.hasClass('open')
if (!isActive && e.which != 27 || isActive && e.which == 27) {
if (e.which == 27) $parent.find(toggle).trigger('focus')
return $this.trigger('click')
}
var desc = ' li:not(.disabled):visible a'
var $items = $parent.find('.dropdown-menu' + desc)
if (!$items.length) return
var index = $items.index(e.target)
if (e.which == 38 && index > 0) index-- // up
if (e.which == 40 && index < $items.length - 1) index++ // down
if (!~index) index = 0
$items.eq(index).trigger('focus')
}
// DROPDOWN PLUGIN DEFINITION
// ==========================
function Plugin(option) {
return this.each(function () {
var $this = $(this)
var data = $this.data('bs.dropdown')
if (!data) $this.data('bs.dropdown', (data = new Dropdown(this)))
if (typeof option == 'string') data[option].call($this)
})
}
var old = $.fn.dropdown
$.fn.dropdown = Plugin
$.fn.dropdown.Constructor = Dropdown
// DROPDOWN NO CONFLICT
// ====================
$.fn.dropdown.noConflict = function () {
$.fn.dropdown = old
return this
}
// APPLY TO STANDARD DROPDOWN ELEMENTS
// ===================================
$(document)
.on('click.bs.dropdown.data-api', clearMenus)
.on('click.bs.dropdown.data-api', '.dropdown form', function (e) { e.stopPropagation() })
.on('click.bs.dropdown.data-api', toggle, Dropdown.prototype.toggle)
.on('keydown.bs.dropdown.data-api', toggle, Dropdown.prototype.keydown)
.on('keydown.bs.dropdown.data-api', '.dropdown-menu', Dropdown.prototype.keydown)
}(jQuery);
</script><style type="text/css">
.code-folding-btn { margin-bottom: 4px; }
.row { display: flex; }
.collapse { display: none; }
.in { display:block }
.pull-right > .dropdown-menu {
right: 0;
left: auto;
}
.open > .dropdown-menu {
display: block;
}
.dropdown-menu {
position: absolute;
top: 100%;
left: 0;
z-index: 1000;
display: none;
float: left;
min-width: 160px;
padding: 5px 0;
margin: 2px 0 0;
font-size: 14px;
text-align: left;
list-style: none;
background-color: #fff;
-webkit-background-clip: padding-box;
background-clip: padding-box;
border: 1px solid #ccc;
border: 1px solid rgba(0,0,0,.15);
border-radius: 4px;
-webkit-box-shadow: 0 6px 12px rgba(0,0,0,.175);
box-shadow: 0 6px 12px rgba(0,0,0,.175);
}
</style>
<script>
$(document).ready(function () {
window.initializeCodeFolding("show" === "show");
});
</script><script>
document.write('<div class="btn-group pull-right" style="position: absolute; top: 20%; right: 2%; z-index: 200"><button type="button" class="btn btn-default btn-xs dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" aria-haspopup="true" aria-expanded="true" data-_extension-text-contrast=""><span>Code</span> <span class="caret"></span></button><ul class="dropdown-menu" style="min-width: 50px;"><li><a id="rmd-show-all-code" href="#">Show All Code</a></li><li><a id="rmd-hide-all-code" href="#">Hide All Code</a></li></ul></div>')
</script><script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/autocomplete.js/0.38.0/autocomplete.jquery.min.js" integrity="sha512-GU9ayf+66Xx2TmpxqJpliWbT5PiGYxpaG8rfnBEk1LL8l1KGkRShhngwdXK1UgqhAzWpZHSiYPc09/NwDQIGyg==" crossorigin="anonymous"></script><script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mark.js/8.11.1/mark.min.js" integrity="sha512-5CYOlHXGh6QpOFA/TeTylKLWfB3ftPsde7AnmhuitiTX4K5SqCLBeKro6sPS8ilsz1Q4NRx3v8Ko2IBiszzdww==" crossorigin="anonymous"></script><!-- CSS --><style type="text/css">
div.hanging-indent{margin-left: 1.5em; text-indent: -1.5em;}
</style>
<link rel="stylesheet" href="style.css">
</head>
<body data-spy="scroll" data-target="#toc">
<div class="container-fluid">
<div class="row">
<header class="col-sm-12 col-lg-3 sidebar sidebar-book"><a class="sr-only sr-only-focusable" href="#content">Skip to main content</a>
<div class="d-flex align-items-start justify-content-between">
<h1>
<a href="index.html" title="">医学研究中的生存数据建模</a>
</h1>
<button class="btn btn-outline-primary d-lg-none ml-2 mt-1" type="button" data-toggle="collapse" data-target="#main-nav" aria-expanded="true" aria-controls="main-nav"><i class="fas fa-bars"></i><span class="sr-only">Show table of contents</span></button>
</div>
<div id="main-nav" class="collapse-lg">
<form role="search">
<input id="search" class="form-control" type="search" placeholder="Search" aria-label="Search">
</form>
<nav aria-label="Table of contents"><h2>Table of contents</h2>
<ul class="book-toc list-unstyled">
<li><a class="" href="index.html">前言</a></li>
<li><a class="" href="%E4%BD%9C%E8%80%85%E4%BB%8B%E7%BB%8D.html">作者介绍</a></li>
<li><a class="" href="%E7%9B%AE%E5%BD%95.html">目录</a></li>
<li class="book-part">正文</li>
<li><a class="" href="chap1.html"><span class="header-section-number">1</span> 生存分析</a></li>
<li><a class="" href="chap2.html"><span class="header-section-number">2</span> 一些非参数程序</a></li>
<li><a class="" href="chap3.html"><span class="header-section-number">3</span> Cox 回归模型</a></li>
<li><a class="" href="cox-%E5%9B%9E%E5%BD%92%E6%A8%A1%E5%9E%8B.html">►Cox 回归模型</a></li>
<li><a class="" href="chap4.html"><span class="header-section-number">4</span> Cox 回归模型的模型检查</a></li>
<li><a class="" href="chap5.html"><span class="header-section-number">5</span> 参数回归模型</a></li>
<li><a class="" href="%E5%8F%82%E6%95%B0%E5%9B%9E%E5%BD%92%E6%A8%A1%E5%9E%8B.html">►参数回归模型</a></li>
<li><a class="" href="chap6.html"><span class="header-section-number">6</span> 灵活的参数模型</a></li>
<li><a class="" href="chap7.html"><span class="header-section-number">7</span> 参数模型的模型检查</a></li>
<li><a class="" href="chap8.html"><span class="header-section-number">8</span> 时依变量</a></li>
<li><a class="" href="chap9.html"><span class="header-section-number">9</span> 区间删失生存数据</a></li>
<li><a class="" href="chap10.html"><span class="header-section-number">10</span> 脆弱模型</a></li>
<li><a class="" href="chap11.html"><span class="header-section-number">11</span> 非比例风险和机构的比较</a></li>
<li><a class="" href="chap12.html"><span class="header-section-number">12</span> 竞争风险</a></li>
<li><a class="" href="chap13.html"><span class="header-section-number">13</span> 多次事件和事件史分析</a></li>
<li><a class="" href="chap14.html"><span class="header-section-number">14</span> 相依删失</a></li>
<li><a class="" href="chap15.html"><span class="header-section-number">15</span> 生存研究的样本量要求</a></li>
<li><a class="" href="chap16.html"><span class="header-section-number">16</span> 贝叶斯生存分析</a></li>
<li><a class="" href="chap17.html"><span class="header-section-number">17</span> 使用 R 进行生存分析</a></li>
<li class="book-part">附录</li>
<li><a class="" href="A.html"><span class="header-section-number">A</span> 最大似然估计</a></li>
<li><a class="active" href="B.html"><span class="header-section-number">B</span> 额外数据集</a></li>
<li class="book-part">—</li>
<li><a class="" href="bib.html">参考书目</a></li>
<li><a class="" href="exm.html">示例索引</a></li>
</ul>
<div class="book-extra">
</div>
</nav>
</div>
</header><main class="col-sm-12 col-md-9 col-lg-7" id="content"><div id="B" class="section level1" number="19">
<h1>
<span class="header-section-number">B</span> 额外数据集<a class="anchor" aria-label="anchor" href="#B"><i class="fas fa-link"></i></a>
</h1>
<p>本附录包含若干数据集以及一些分析建议。这些数据集可从出版商的网站下载，其链接在前言中给出。</p>
<div id="secB-1" class="section level2" number="19.1">
<h2>
<span class="header-section-number">B.1</span> 慢性活动性肝炎<a class="anchor" aria-label="anchor" href="#secB-1"><i class="fas fa-link"></i></a>
</h2>
<p>在 Kirk et al.(1980) 描述的一项临床试验中，44 名慢性活动性肝炎患者被随机分配到泼尼松龙药物治疗组或未治疗的对照组。患者入组后的生存时间（以月为单位）是感兴趣的响应变量。这些数据由 Pocock (1983) 给出，并在表 B.1 中列出。</p>
<details><summary><font color="#8B2232">表 B.1</font>
</summary><img src="figure/table%20B.1.png#center" style="width:80.0%"></details><p><br>
根据每个治疗组的生存函数估计总结数据。使用 log-rank 检验和 Wilcoxon 检验比较各组。拟合 Cox 和 Weibull 比例风险模型以确定治疗效应的显著性。根据治疗效应的显著性，比较这些不同分析的结果，以及基于模型的风险比估计和相应的 95% 置信限。获取数据的对数累积风险图，并评论哪种分析方法最合适。</p>
</div>
<div id="secB-2" class="section level2" number="19.2">
<h2>
<span class="header-section-number">B.2</span> 膀胱癌的复发<a class="anchor" aria-label="anchor" href="#secB-2"><i class="fas fa-link"></i></a>
</h2>
<p>由 Veterans Administration Cooperative Urological Research Group 进行的一项关于膀胱癌的安慰剂对照试验中，患有浅表性膀胱肿瘤的患者首先通过经尿道切除术切除了肿瘤。随后，他们被随机分配到安慰剂组或化疗药物噻替哌组。在随机分组时，记录了每个患者的肿瘤初始数量和其中最大肿瘤的直径。Andrews and Herzberg (1985) 中包含的原始数据集给出了最多九次肿瘤复发的时间，但表 B.2 中的数据指的是第一次复发的时间，以月为单位。在随访期结束时仍未复发的患者记录为删失观测。数据集中的变量如下：</p>
<ul>
<li>
<span class="math inline">\(Patient\)</span>：患者编号（1-86）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Time\)</span>：生存时间（月）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Status\)</span>：患者状态（0 = 删失，1 = 复发）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Treat\)</span>：治疗组（1 = 安慰剂，2 = 噻替哌）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Init\)</span>：肿瘤初始数量</li>
<li>
<span class="math inline">\(Size\)</span>：最大初始肿瘤直径（厘米）</li>
</ul>
<details><summary><font color="#8B2232">表 B.2</font>
</summary><img src="figure/table%20B.2.png#center" style="width:80.0%"></details><p><br>
使用 Cox 比例风险模型确定复发时间是否依赖于解释变量 <span class="math inline">\(Init\)</span> 和 <span class="math inline">\(Size\)</span>。在调整相关变量后，考察治疗效应的显著性。考察是否有证据表明治疗组和两个解释变量之间存在相互作用。利用模型检查诊断，评论拟合模型的适用性。具体来说，通过拟合一个合适的时依变量，检验关于治疗的比例风险假设。估计治疗效应的风险比，并给出该比值的 95% 置信区间。将该估计与拟合 Weibull 比例风险模型得到的估计进行比较。</p>
</div>
<div id="secB-3" class="section level2" number="19.3">
<h2>
<span class="header-section-number">B.3</span> 黑鸭的生存<a class="anchor" aria-label="anchor" href="#secB-3"><i class="fas fa-link"></i></a>
</h2>
<p>US Fish and Wildlife Service 进行了一项关于黑鸭（学名 Anas rubripes）迁徙和越冬生存情况的研究。在第一年的研究中，研究人员在 New Jersey 的两个地点捕获了 50 只雌性黑鸭，并为它们装上了无线电发射器。这些鸭子是在 1983 年 11 月 8 日至 1983 年 12 月 14 日大约四周时间内捕获的，其中包括 31 只当年孵化的幼鸭（即在前一个繁殖季节出生的鸭子）和 19 只至少一岁大的鸭子。研究人员测量了每只鸭子的体重和翼长。从鸭子被释放之日起，研究人员每天记录每只鸭子的状态，即存活、失踪还是死亡，直到 1984 年 2 月 15 日研究结束。该数据集包含在 Hand et al. (1994) 的著作中，包含以下变量：</p>
<ul>
<li>
<span class="math inline">\(Time\)</span>：生存时间（天）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Status\)</span>：鸟的状态（ 0 = 存活或失踪，1 = 死亡）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Age\)</span>：年龄组（0 = 当年孵化的幼鸭，1 = 年龄大于等于 1 年的鸟）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Weight\)</span>：鸟的重量（克）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Length\)</span>：翼长（毫米）</li>
</ul>
<p>研究中鸭子的每个变量的值如表 B.3 所示。</p>
<details><summary><font color="#8B2232">表 B.3</font>
</summary><img src="figure/table%20B.3.png#center" style="width:80.0%"></details><p><br>
使用比例风险模型，考察年龄、体重和翼长对生存时间的影响。探究解释变量体重和翼长的系数在每个年龄组的鸭子中是否存在差异。是否有证据表明模型中需要体重和翼长的非线性函数？</p>
</div>
<div id="secB-4" class="section level2" number="19.4">
<h2>
<span class="header-section-number">B.4</span> 骨髓移植<a class="anchor" aria-label="anchor" href="#secB-4"><i class="fas fa-link"></i></a>
</h2>
<p>白血病治疗后，患者通常会接受骨髓移植，以帮助将血细胞恢复到正常水平。这种治疗的一个潜在致命的副作用是移植物抗宿主病 (graft-versus-host disease)，即移植细胞攻击宿主细胞。</p>
<p>在 Bagot et al. (1988) 描述的一项研究中，37 名患有急性髓细胞白血病（AML）或急性淋巴细胞白血病（ALL）并已达到完全缓解状态，或是处于慢性粒细胞白血病（CML）慢性期的患者接受了非耗竭异基因骨髓移植 (non-depleted allogeneic bone marrow transplant). 记录了骨髓供体的年龄、供体是否曾怀孕，以及受体的年龄、白血病类型、混合表皮淋巴细胞反应指数，以及受体是否出现移植物抗宿主病。该数据集中的变量如下：</p>
<ul>
<li>
<span class="math inline">\(Patient\)</span>：患者编号（1-37）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Time\)</span>：存活天数</li>
<li>
<span class="math inline">\(Status\)</span>：患者状态（0 = 存活，1 = 死亡）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Rage\)</span>：患者年龄</li>
<li>
<span class="math inline">\(Dage\)</span>：供体年龄</li>
<li>
<span class="math inline">\(Type\)</span>：白血病类型（1 = AML，2 = ALL，3 = CML）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Preg\)</span>：供体妊娠（0 = 否，1 = 是）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Index\)</span>：细胞-淋巴细胞反应指数</li>
<li>
<span class="math inline">\(GVHD\)</span>：移植物抗宿主病（0 = 否，1 = 是）</li>
</ul>
<p>Altman (1991) 中也给出了这些数据，如表 B.4 所示。</p>
<details><summary><font color="#8B2232">表 B.4</font>
</summary><img src="figure/table%20B.4.png#center" style="width:80.0%"></details><p><br>
使用 Weibull 加速失效时间模型研究生存时间对预后变量的依赖性。估计并绘制基线生存函数。拟合包含相同解释变量的 loglogistic 和 lognormal 模型，并估计在这些模型下的基线生存函数。将这些估计与从 Cox 比例风险模型拟合得到的基线生存函数估计进行比较。然后，请评论哪种参数模型最合适，并使用模型检查诊断进一步检查该模型的充分性。</p>
</div>
<div id="secB-5" class="section level2" number="19.5">
<h2>
<span class="header-section-number">B.5</span> 慢性肉芽肿病<a class="anchor" aria-label="anchor" href="#secB-5"><i class="fas fa-link"></i></a>
</h2>
<p>慢性肉芽肿病 (chronic granulomatous disease, CGD) 是一组免疫系统的遗传性疾病，这些疾病使患者容易受到反复感染以及慢性炎症的影响，例如牙龈炎、淋巴结肿大或非恶性的肿瘤样肿块（称为肉芽肿）。这些肉芽肿会阻碍食物通过消化系统的通道，并可能抑制尿液从肾脏和膀胱的流动。该病通常使用抗生素进行治疗，但 Genentech 公司开展的一项多中心试验比较了抗病毒药物干扰素与安慰剂的效果。研究人员收集了一系列预后变量的数据，而关注的终点是随机分组后首次出现严重感染的时间。Therneau and Grambsch (2000) 描述的数据集包含以下变量：</p>
<ul>
<li>
<span class="math inline">\(Patient\)</span>：患者编号（1-128）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Time\)</span>：第一次感染的时间（天）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Status\)</span>：患者状态（0 = 删失，1 = 感染）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Center\)</span>：中心（1 = Harvard Medical School，2 = Scripps Institute, California，3 = Copenhagen，4 = National Institutes of Health, Maryland，5 = Los Angeles Children’s Hospital，6 = Mott Children’s Hospital, Michigan，7 = University of Utah，8 = Children’s Hospital of Philadelphia, Pennsylvania，9 = University of Washington，10 = University of Minnesota，11 = University of Zurich，12 = Texas Children’s Hospital，13 = Amsterdam，14 = Mount Sinai Medical Center）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Treat\)</span>：治疗组（0 = 安慰剂，1 = 干扰素）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Age\)</span>：年龄（年）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Sex\)</span>：性别（1 = 男性，2 = 女性）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Height\)</span>：身高（厘米）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Weight\)</span>：体重（公斤）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Pattern\)</span>：遗传模式（1 = X连锁，2 = 常染色体隐性）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Cort\)</span>：试验开始时使用皮质类固醇（1 = 使用，2 = 未使用）</li>
<li>
<span class="math inline">\(Anti\)</span>：试验结束时使用抗生素</li>
</ul>
<p>为首次感染的时间确定一个合适的模型，并调查该模型的充分性。是否有任何证据表明不同中心的治疗效应不一致？根据相关的点估计和相应的置信区间总结治疗差异。</p>
<p>现在假设实际的感染时间是区间删失的，并且任何个体的感染状态只能在 90 天、180 天、270 天和 360 天记录。根据生存时间构造一个新的观测，该观测给出了感染或删失发生的区间。对于未感染或在 360 天后发生感染的个体，其观测视为删失。对于这个构造的数据集，使用第 <a href="chap9.html#chap9">9</a> 章描述的方法分析区间删失数据。将治疗效应估计与根据原始数据得到的估计进行比较。</p>
<p>为这些数据拟合具有共享脆弱性的参数模型和 Cox 回归模型，其中中心是随机脆弱效应。比较和对比两组结果并评论中心变异的程度。</p>
<p>确定每个中心在前 180 天内首次感染的患者数。通过为首次感染时间拟合 Cox 回归模型，使用第 <a href="chap11.html#chap11">11</a> 章描述的方法，估计每个中心 180 天风险调整的首次感染率。将中心视为固定或随机的，计算该率的相应区间估计，并评论任何差异的程度。</p>
<p>研究这些数据中相依删失的影响。首先，拟合删失概率的 Weibull 模型，并使用该模型获得与删失成反比的权重。以计数过程格式表示感染时间数据，拟合加权 Cox 回归模型以考虑任何相依删失。将其结果与未加权 Cox 回归分析获得的结果进行比较。</p>
</div>
</div>
<div class="chapter-nav">
<div class="prev"><a href="A.html"><span class="header-section-number">A</span> 最大似然估计</a></div>
<div class="next"><a href="bib.html">参考书目</a></div>
</div></main><div class="col-md-3 col-lg-2 d-none d-md-block sidebar sidebar-chapter">
<nav id="toc" data-toggle="toc" aria-label="On this page"><h2>On this page</h2>
<ul class="nav navbar-nav">
<li><a class="nav-link" href="#B"><span class="header-section-number">B</span> 额外数据集</a></li>
<li><a class="nav-link" href="#secB-1"><span class="header-section-number">B.1</span> 慢性活动性肝炎</a></li>
<li><a class="nav-link" href="#secB-2"><span class="header-section-number">B.2</span> 膀胱癌的复发</a></li>
<li><a class="nav-link" href="#secB-3"><span class="header-section-number">B.3</span> 黑鸭的生存</a></li>
<li><a class="nav-link" href="#secB-4"><span class="header-section-number">B.4</span> 骨髓移植</a></li>
<li><a class="nav-link" href="#secB-5"><span class="header-section-number">B.5</span> 慢性肉芽肿病</a></li>
</ul>
<div class="book-extra">
<ul class="list-unstyled">
</ul>
</div>
</nav>
</div>
</div>
</div> <!-- .container -->
<footer class="bg-primary text-light mt-5"><div class="container"><div class="row">
<div class="col-12 col-md-6 mt-3">
<p>"<strong>医学研究中的生存数据建模</strong>" was written by Wang Zhen. It was last built on 2024-04-23.</p>
</div>
<div class="col-12 col-md-6 mt-3">
<p>This book was built by the <a class="text-light" href="https://bookdown.org">bookdown</a> R package.</p>
</div>
</div></div>
</footer><!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained --><script>
(function () {
var script = document.createElement("script");
script.type = "text/javascript";
var src = "true";
if (src === "" || src === "true") src = "https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.9/latest.js?config=TeX-MML-AM_CHTML";
if (location.protocol !== "file:")
if (/^https?:/.test(src))
src = src.replace(/^https?:/, '');
script.src = src;
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
})();
</script><script type="text/x-mathjax-config">const popovers = document.querySelectorAll('a.footnote-ref[data-toggle="popover"]');
for (let popover of popovers) {
const div = document.createElement('div');
div.setAttribute('style', 'position: absolute; top: 0, left:0; width:0, height:0, overflow: hidden; visibility: hidden;');
div.innerHTML = popover.getAttribute('data-content');
var has_math = div.querySelector("span.math");
if (has_math) {
document.body.appendChild(div);
MathJax.Hub.Queue(["Typeset", MathJax.Hub, div]);
MathJax.Hub.Queue(function() {
popover.setAttribute('data-content', div.innerHTML);
document.body.removeChild(div);
})
}
}
</script>
</body>
</html>