Pour obtenir une couche déjà existante en Geopackage dans QGIS, vous devez vous rendre sur la couche que vous voulez exporter en .gpkg, clique droit et sélectionnez Exporter puis, Sauvegarder les entités sous....
Une fenêtre s'ouvre puis dans Formats, sélectionnez Geopackage.
Renseignez par la suite les champs nécessaires et cliquez sur Ok. La couche est maintenant exportée en Geopackage.
Pour ajouter une couche à un fichier Geopackage déjà existant, il suffit de faire la même chose et dans Nom de fichier, cliquez sur le bouton ... et indiquez le fichier Geopackage déjà existant.