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cheminfotutorial1023

material for cheminfo tutorial

関連情報

  • 開催日時: 2023年10月23日 13:00-17:00
  • 開催場所: 会場4階研修室

事前情報

  • 会場のネットワークは利用できますが、速度は期待できないとお考えください(必要に応じてWifi等通信機器をご持参下さい)。
  • 電源は主催者側で用意いたします。
  • 環境構築には時間がかかるため、会場で環境を作ることは推奨しません。事前に構築をしてください。

TS-01 ケモインフォマティクスチュートリアル

  • 中級者向けのケモインフォマティクスチュートリアルのため、基本的なjupyter notebook,pythonの操作に関しては理解しているという前提ですすめます。

実施内容

  1. 特定標的に関する特許の化合物データ解析

    1. データの前処理（正規化、脱塩など）
    2. 演習(正規化)
    3. ケミカルスペースの可視化、クラスタリング

  2. 予測モデルの活用

    1. 予測モデルの構築(データ準備,モデル作成)
    2. 予測モデルの利用した化合物の検証
    3. 演習(予測モデル構築)

  3. 公共データを利用したバーチャルスクリーニングの実施

    1. データベースの準備と部分構造検索
    2. 化合物の類似性検索

環境構築

  • Anaconda または Minicondaをインストールしてください。
  • ターミナルより以下のコマンドを実行してください。必要なライブラリとVSFlowのインストールがおこなわれます。
$ conda install git #gitをインストールしていない人のみ
$ git clone https://github.com/cbi-society/cheminfotutorial1023.git
$ cd cheminfotutorial1023
$ conda config --append channels conda-forge
$ conda env create -f environment.yml
$ conda activate cbi2023

# VSFlowのみGithubからソースコードをダウンロードしてインストールします。
$ git clone https://github.com/czodrowskilab/VSFlow.git
$ cd VSFlow
$ pip install .
  • インストールが上手く行かない等のトラブルがあった場合は当日までにDiscussionsで質問してください。

Author

  • 大川 和史（旭化成ファーマ株式会社）
  • 芹沢 貴之（第一三共株式会社）
  • 新井　浩一郎（旭化成ファーマ株式会社）
  • 高橋 一敏（味の素株式会社）
  • 宮野 奈津美（帝人ファーマ株式会社）