サイト全体の構造は複雑ですが、この3つが理解できれば各ファイルのコードはある程度読めるようになると思います。
これらの言語を勉強するための教材はweb上にたくさんあり、無料のものも多いです。一部無料のサービスとしてはProgateを挙げておきます。途中から有料になるようなサービスは夏休みなどに一か月だけ契約して取り組むのがおすすめです。
フレームワークとは、ウェブ制作の基本構造や機能があらかじめ用意された設計ツールです。このリポジトリの構造を理解するためには、Vue.js 、 Nuxt.js というフレームワークについての知識が必要になります。
参考書
Gitはプログラムのコード変更履歴を管理したり、チームでの共同作業や開発を効率的に行うためのシステムです。Gitに関する用語は独特なものが多く、使い慣れるまでに時間がかかりますが、web制作以外の用途でも使える便利なツールなので是非覚えましょう。
参考書
ややこしいGitの用語
リポジトリ, コミット, ブランチ, マージ, クローン, プル, プッシュ, プルリクエスト, フェッチ, ステージ, ステータス, コンフリクト...