How can I get allele count, hom_alt count, from Truvari collapsed output?

[Phillip-a-richmond]

Hello,

I'm looking to create a database of SVs which I can use for annotation of rare disease samples.

What I have so far:

# Step 0: Set variables

Working_Dir=/mnt/common/OPEN_DATA/1kG_Trio/MantaSmoove/
SV_Dir=$Working_Dir/Manta/
FileList=MantaFileList.txt
BCFToolsMergedVCF=ThousandGenomes_MantaMerged_BCFTools.vcf.gz
TruvariMergedVCF=ThousandGenomes_MantaMerged_Truvari.vcf.gz
TruvariCollapsedVCF=ThousandGenomes_MantaMerged_TruvariCollapsed.vcf.gz
GenomeFasta=/mnt/common/DATABASES/REFERENCES/GRCh38/GENOME/1000G/GRCh38_full_analysis_set_plus_decoy_hla.fa
Basename=ThousandGenomes_MantaMerged

# Step 1: Manta merge
cd $Working_Dir

## Activate GenomeAnalysis (for bcftools)
source /mnt/common/Precision/Miniconda3/opt/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate GenomeAnalysis

ls $SV_Dir/*gz > $FileList

bcftools merge -m none \
	-l $FileList \
	--force-samples \
	| bgzip > $BCFToolsMergedVCF
tabix $BCFToolsMergedVCF
	


# Step 2: Truvari collapse
## Activate Truvari (with samtools)
source /mnt/common/Precision/Miniconda3/opt/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate Truvari

truvari collapse \
	-i $BCFToolsMergedVCF \
	-o $TruvariMergedVCF \
       -c $TruvariCollapsedVCF \
	-f $GenomeFasta

This gives me:
Truvari collapsed:

#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	HG00408	HG00407	HG00406	HG00420	HG00419	HG00418	HG00423	HG00422	HG00421	HG00429	HG00428	HG00427	HG00438	HG00437	HG00436	HG00444	HG00443	HG00442	HG00447	HG00446	HG00445	HG00450	HG00449	HG00448	HG00453	HG00452	HG00451	HG00459	HG00458	HG00457	HG00465	HG00464	HG00463	HG00474	HG00473	HG00472	HG00477	HG00476	HG00475	HG00480	HG00479	HG00478	HG00502	HG00501	HG00500	HG00514	HG00513	HG00512	HG00526	HG00525	HG00524	HG00535	HG00534	HG00533	HG00538	HG00537	HG00536	HG00544	HG00543	HG00542	HG00552	HG00551	HG01075	HG00555	HG00554	HG00553	HG00558	HG00557	HG00556	HG00561	HG00560	HG00559	HG00567	HG00566	HG00565	HG00579	HG00578	HG00577	HG00582	HG00581	HG00580	HG00585	HG00584	HG00583	HG00591	HG00590	HG00589	HG00594	HG00593	HG00592	HG00597	HG00596	HG00595	HG00609	HG00608	HG00607	HG00612	HG00611	HG00610	HG00615	HG00614	HG00613	HG00621	HG00620	HG00619	HG00627	HG00626	HG00625	HG00630	HG00629	HG00628	HG00636	HG00635	HG00634	HG00639	HG00638	HG00637	HG00642	HG00641	HG00640	HG00652	HG00651	HG00650	HG00655	HG00654	HG00653	HG00658	HG00657	HG00656	HG00664	HG00663	HG00662	HG00673	HG00672	HG00671	HG00685	HG00684	HG00683	HG00691	HG00690	HG00689	HG00694	HG00693	HG00692	HG00700	HG00699	HG00698	HG00702	50:HG00657	50:HG00656	HG00703	51:HG00702	HG00701	HG00706	HG00705	HG00704	HG00709	HG00708	HG00707	HG00733	HG00732	HG00731	HG00735	HG00734	HG01047	HG00738	HG00737	HG00736	HG00741	HG00740	HG00739	HG01050	HG01049	HG01048	HG01053	HG01052	HG01051	HG01056	HG01055	HG01054	HG01062	HG01061	HG01060	HG01068	HG01067	HG01066	HG01071	HG01070	HG01069	HG01074	HG01073	HG01072	HG01081	HG01080	HG01079	HG01084	HG01083	HG01082	HG01087	HG01086	HG01085	HG01096	HG01095	HG01094	HG01099	HG01098	HG01097	HG01100	HG01248	HG01247	HG01103	HG01102	HG01101	HG01106	HG01105	HG01104	HG01109	HG01108	HG01107	HG01114	HG01113	HG01112	HG01126	HG01125	HG01124	HG01135	HG01134	HG01133	HG01138	HG01137	HG01136	HG01141	HG01140	HG01139	HG01150	HG01149	HG01148	HG01169	HG01168	HG01167	HG01172	HG01171	HG01170	HG01175	HG01174	HG01173	HG01178	HG01177	HG01176	HG01184	HG01183	HG01182	HG01189	HG01188	HG01187	HG01192	HG01191	HG01190	HG01199	HG01198	HG01197	HG01206	HG01205	HG01204	HG01243	HG01242	HG01241	HG01249	HG01111	HG01110	HG01252	HG01251	HG01250	HG01255	HG01254	HG01253	HG01258	HG01257	HG01256	HG01261	HG01260	HG01259	HG01273	HG01272	HG01271	HG01343	HG01342	HG01341	HG01346	HG01345	HG01344	HG01349	HG01348	HG01347	HG01352	HG01351	HG01350	HG01355	HG01354	HG01353	HG01358	HG01357	HG01356	HG01361	HG01360	HG01359	HG01367	HG01366	HG01365	HG01376	HG01375	HG01374	HG01379	HG01378	HG01377	HG01385	HG01384	HG01383	HG01391	HG01390	HG01389	HG01433	HG01432	HG01431	HG01439	HG01438	HG01437	HG01457	HG01456	HG01455	HG01463	HG01462	HG01461	HG01466	HG01465	HG01464	HG01490	HG01489	HG01488	HG01493	HG01492	HG01491	HG01496	HG01495	HG01494	HG01499	HG01498	HG01497	HG01502	HG01501	HG01500	HG01505	HG01504	HG01503	HG01508	HG01507	HG01506	HG01511	HG01510	HG01509	HG01514	HG01513	HG01512	HG01517	HG01516	HG01515	HG01520	HG01519	HG01518	HG01523	HG01522	HG01521	HG01526	HG01525	HG01524	HG01529	HG01528	HG01527	HG01538	HG01537	HG01536	HG01552	HG01551	HG01550	HG01573	HG01572	HG01571	HG01579	HG01578	HG01577	HG01601	HG01602	HG01603	HG01604	HG01605	HG01606	HG01609	HG01607	HG01608	HG01611	HG01612	HG01610	HG01614	HG01613	HG01615	HG01616	HG01618	HG01617	HG01629	HG01628	HG01630	HG01633	HG01632	HG01631	HG01671	HG01670	HG01672	HG01674	HG01673	HG01675	HG01677	HG01676	HG01678	HG01683	HG01684	HG01682	HG01687	HG01685	HG01686	HG01701	HG01702	HG01700	HG01711	HG01710	HG01709	HG01748	HG01746	HG01747	HG01755	HG01757	HG01756	HG01763	HG01762	HG01761	HG01772	HG01770	HG01771	HG01774	HG01773	HG01775	HG01778	HG01776	HG01777	HG01780	HG01779	HG01781	HG01782	HG01784	HG01783	HG01881	HG01880	HG01879	HG01884	HG01956	HG01885	HG01887	HG01886	HG02014	HG01888	HG01883	HG01882	HG01891	HG01889	HG01890	HG01895	HG01894	HG01912	HG01897	HG01896	HG02013	HG01898	HG01893	HG01892	HG01916	HG01915	HG01914	HG01919	HG01918	HG01917	HG01922	HG01921	HG01920	HG01925	HG01924	HG01923	HG01928	HG01927	HG01926	HG01934	HG01933	HG01932	HG01937	HG01936	HG01935	HG01940	HG01939	HG01938	HG01943	HG01942	HG01941	HG01946	HG01945	HG01944	HG01949	HG01948	HG01947	HG01952	HG01951	HG01950	HG01955	HG01954	HG01953	HG01959	HG01958	HG01986	HG01960	HG01989	HG01988	HG01969	HG01968	HG01967	HG01972	HG01971	HG01970	HG01975	HG01973	HG01974	HG01978	HG01976	HG01977	HG01981	HG01980	HG01979	HG01984	HG01983	HG01982	HG01987	HG02012	HG01990	HG01993	HG01992	HG01991	HG01998	HG01997	HG02008	HG02004	HG02003	HG02002	HG02011	HG02010	HG02009	HG02015	HG02016	HG02017	HG02018	HG02019	HG02020	HG02024	HG02025	HG02026	HG02027	HG02028	HG02029	HG02030	HG02031	HG02032	HG02055	HG02054	HG02053	HG02056	HG02057	HG02058	HG02059	HG02060	HG02061	HG02068	HG02069	HG02070	HG02071	HG02072	HG02073	HG02074	HG02075	HG02076	HG02077	HG02078	HG02079	HG02080	HG02081	HG02082	HG02083	HG02084	HG02085	HG02091	HG02089	HG02090	HG02106	HG02105	HG02104	HG02120	HG02121	HG02122	HG02126	HG02127	HG02128	HG02129	HG02130	HG02131	HG02132	HG02133	HG02134	HG02135	HG02136	HG02137	HG02145	HG02144	HG02143	HG02148	HG02147	HG02146	HG02222	HG02220	HG02221	HG02225	HG02223	HG02224	HG02229	HG02230	HG02231	HG02234	HG02232	HG02233	HG02237	HG02235	HG02236	HG02240	HG02239	HG02238	HG02257	HG02256	HG02255	HG02258	HG02315	HG02314	HG02261	HG02260	HG02259	HG02273	HG02272	HG02271	HG02279	HG02278	HG02277	HG02280	HG02308	HG02307	HG02287	HG02286	HG02285	HG02293	HG02292	HG02291	HG02300	HG02298	HG02299	HG02316	HG02318	HG02317	HG02321	HG02282	HG02281	HG02451	HG02450	HG02449	HG02463	HG02462	HG02461	HG02466	HG02465	HG02464	HG02492	HG02491	HG02490	HG02495	HG02494	HG02493	HG02514	HG02513	HG02512	HG02523	HG02522	HG02521	HG02526	HG02525	HG02524	HG02563	HG02562	HG02561	HG02572	HG02571	HG02570	HG02575	HG02574	HG02573	HG02584	HG02583	HG02582	HG02587	HG02586	HG02585	HG02590	HG02589	HG02588	HG02596	HG02595	HG02594	HG02602	HG02601	HG02600	HG02605	HG02604	HG02603	HG02612	HG02611	HG02610	HG02615	HG02614	HG02613	HG02622	HG02621	HG02620	HG02625	HG02624	HG02623	HG02630	HG02629	HG02628	HG02636	HG02635	HG02634	HG02644	HG02643	HG02642	HG02647	HG02646	HG02645	HG02650	HG02649	HG02648	HG02653	HG02652	HG02651	HG02656	HG02655	HG02654	HG02659	HG02658	HG02657	HG02662	HG02661	HG02660	HG02668	HG02667	HG02666	HG02677	HG02676	HG02675	HG02680	HG02679	HG02678	HG02683	HG02682	HG02681	HG02686	HG02685	HG02684	HG02689	HG02688	HG02687	HG02692	HG02691	HG02690	HG02698	HG02697	HG02696	HG02701	HG02700	HG02699	HG02704	HG02703	HG02702	HG02717	HG02716	HG02715	HG02723	HG02722	HG02721	HG02726	HG02725	HG02724	HG02729	HG02728	HG02727	HG02735	HG02734	HG02733	HG02738	HG02737	HG02736	HG02761	HG02760	HG02759	HG02764	HG02763	HG02762	HG02770	HG02769	HG02768	HG02773	HG02772	HG02771	HG02776	HG02775	HG02774	HG02785	HG02784	HG02783	HG02788	HG02787	HG02786	HG02791	HG02790	HG02789	HG02794	HG02793	HG02792	HG02800	HG02799	HG02798	HG02806	HG02805	HG02804	HG02809	HG02808	HG02807
chr1	54719	MantaINS:6:0:0:0:0:0;MantaINS:8:0:0:0:0:0	TC	TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT	741	PASS	SVTYPE=INS;SVLEN=56;CIGAR=1M56I1D;PctSeqSimilarity=0.9769;PctSizeSimilarity=0.9825;PctRecOverlap=0.8621;SizeDiff=1;StartDistance=-7;EndDistance=-8;GTMatch=.;TruScore=94;MatchId=1.0	GT:FT:GQ:PL:PR:SR	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	1/1:PASS:29:437,32,0:0,0:0,13	0/0:HomRef:59:0,9,60:2,1:3,0	0/1:PASS:121:213,0,118:3,2:8,6	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	1/1:PASS:41:735,44,0:0,0:0,15	1/1:MinGQ:5:100,6,0:0,1:0,2	1/1:MinGQ:4:62,6,0:0,0:0,3	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.

And Truvari non-collapsed:

#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	HG00408	HG00407	HG00406	HG00420	HG00419	HG00418	HG00423	HG00422	HG00421	HG00429	HG00428	HG00427	HG00438	HG00437	HG00436	HG00444	HG00443	HG00442	HG00447	HG00446	HG00445	HG00450	HG00449	HG00448	HG00453	HG00452	HG00451	HG00459	HG00458	HG00457	HG00465	HG00464	HG00463	HG00474	HG00473	HG00472	HG00477	HG00476	HG00475	HG00480	HG00479	HG00478	HG00502	HG00501	HG00500	HG00514	HG00513	HG00512	HG00526	HG00525	HG00524	HG00535	HG00534	HG00533	HG00538	HG00537	HG00536	HG00544	HG00543	HG00542	HG00552	HG00551	HG01075	HG00555	HG00554	HG00553	HG00558	HG00557	HG00556	HG00561	HG00560	HG00559	HG00567	HG00566	HG00565	HG00579	HG00578	HG00577	HG00582	HG00581	HG00580	HG00585	HG00584	HG00583	HG00591	HG00590	HG00589	HG00594	HG00593	HG00592	HG00597	HG00596	HG00595	HG00609	HG00608	HG00607	HG00612	HG00611	HG00610	HG00615	HG00614	HG00613	HG00621	HG00620	HG00619	HG00627	HG00626	HG00625	HG00630	HG00629	HG00628	HG00636	HG00635	HG00634	HG00639	HG00638	HG00637	HG00642	HG00641	HG00640	HG00652	HG00651	HG00650	HG00655	HG00654	HG00653	HG00658	HG00657	HG00656	HG00664	HG00663	HG00662	HG00673	HG00672	HG00671	HG00685	HG00684	HG00683	HG00691	HG00690	HG00689	HG00694	HG00693	HG00692	HG00700	HG00699	HG00698	HG00702	50:HG00657	50:HG00656	HG00703	51:HG00702	HG00701	HG00706	HG00705	HG00704	HG00709	HG00708	HG00707	HG00733	HG00732	HG00731	HG00735	HG00734	HG01047	HG00738	HG00737	HG00736	HG00741	HG00740	HG00739	HG01050	HG01049	HG01048	HG01053	HG01052	HG01051	HG01056	HG01055	HG01054	HG01062	HG01061	HG01060	HG01068	HG01067	HG01066	HG01071	HG01070	HG01069	HG01074	HG01073	HG01072	HG01081	HG01080	HG01079	HG01084	HG01083	HG01082	HG01087	HG01086	HG01085	HG01096	HG01095	HG01094	HG01099	HG01098	HG01097	HG01100	HG01248	HG01247	HG01103	HG01102	HG01101	HG01106	HG01105	HG01104	HG01109	HG01108	HG01107	HG01114	HG01113	HG01112	HG01126	HG01125	HG01124	HG01135	HG01134	HG01133	HG01138	HG01137	HG01136	HG01141	HG01140	HG01139	HG01150	HG01149	HG01148	HG01169	HG01168	HG01167	HG01172	HG01171	HG01170	HG01175	HG01174	HG01173	HG01178	HG01177	HG01176	HG01184	HG01183	HG01182	HG01189	HG01188	HG01187	HG01192	HG01191	HG01190	HG01199	HG01198	HG01197	HG01206	HG01205	HG01204	HG01243	HG01242	HG01241	HG01249	HG01111	HG01110	HG01252	HG01251	HG01250	HG01255	HG01254	HG01253	HG01258	HG01257	HG01256	HG01261	HG01260	HG01259	HG01273	HG01272	HG01271	HG01343	HG01342	HG01341	HG01346	HG01345	HG01344	HG01349	HG01348	HG01347	HG01352	HG01351	HG01350	HG01355	HG01354	HG01353	HG01358	HG01357	HG01356	HG01361	HG01360	HG01359	HG01367	HG01366	HG01365	HG01376	HG01375	HG01374	HG01379	HG01378	HG01377	HG01385	HG01384	HG01383	HG01391	HG01390	HG01389	HG01433	HG01432	HG01431	HG01439	HG01438	HG01437	HG01457	HG01456	HG01455	HG01463	HG01462	HG01461	HG01466	HG01465	HG01464	HG01490	HG01489	HG01488	HG01493	HG01492	HG01491	HG01496	HG01495	HG01494	HG01499	HG01498	HG01497	HG01502	HG01501	HG01500	HG01505	HG01504	HG01503	HG01508	HG01507	HG01506	HG01511	HG01510	HG01509	HG01514	HG01513	HG01512	HG01517	HG01516	HG01515	HG01520	HG01519	HG01518	HG01523	HG01522	HG01521	HG01526	HG01525	HG01524	HG01529	HG01528	HG01527	HG01538	HG01537	HG01536	HG01552	HG01551	HG01550	HG01573	HG01572	HG01571	HG01579	HG01578	HG01577	HG01601	HG01602	HG01603	HG01604	HG01605	HG01606	HG01609	HG01607	HG01608	HG01611	HG01612	HG01610	HG01614	HG01613	HG01615	HG01616	HG01618	HG01617	HG01629	HG01628	HG01630	HG01633	HG01632	HG01631	HG01671	HG01670	HG01672	HG01674	HG01673	HG01675	HG01677	HG01676	HG01678	HG01683	HG01684	HG01682	HG01687	HG01685	HG01686	HG01701	HG01702	HG01700	HG01711	HG01710	HG01709	HG01748	HG01746	HG01747	HG01755	HG01757	HG01756	HG01763	HG01762	HG01761	HG01772	HG01770	HG01771	HG01774	HG01773	HG01775	HG01778	HG01776	HG01777	HG01780	HG01779	HG01781	HG01782	HG01784	HG01783	HG01881	HG01880	HG01879	HG01884	HG01956	HG01885	HG01887	HG01886	HG02014	HG01888	HG01883	HG01882	HG01891	HG01889	HG01890	HG01895	HG01894	HG01912	HG01897	HG01896	HG02013	HG01898	HG01893	HG01892	HG01916	HG01915	HG01914	HG01919	HG01918	HG01917	HG01922	HG01921	HG01920	HG01925	HG01924	HG01923	HG01928	HG01927	HG01926	HG01934	HG01933	HG01932	HG01937	HG01936	HG01935	HG01940	HG01939	HG01938	HG01943	HG01942	HG01941	HG01946	HG01945	HG01944	HG01949	HG01948	HG01947	HG01952	HG01951	HG01950	HG01955	HG01954	HG01953	HG01959	HG01958	HG01986	HG01960	HG01989	HG01988	HG01969	HG01968	HG01967	HG01972	HG01971	HG01970	HG01975	HG01973	HG01974	HG01978	HG01976	HG01977	HG01981	HG01980	HG01979	HG01984	HG01983	HG01982	HG01987	HG02012	HG01990	HG01993	HG01992	HG01991	HG01998	HG01997	HG02008	HG02004	HG02003	HG02002	HG02011	HG02010	HG02009	HG02015	HG02016	HG02017	HG02018	HG02019	HG02020	HG02024	HG02025	HG02026	HG02027	HG02028	HG02029	HG02030	HG02031	HG02032	HG02055	HG02054	HG02053	HG02056	HG02057	HG02058	HG02059	HG02060	HG02061	HG02068	HG02069	HG02070	HG02071	HG02072	HG02073	HG02074	HG02075	HG02076	HG02077	HG02078	HG02079	HG02080	HG02081	HG02082	HG02083	HG02084	HG02085	HG02091	HG02089	HG02090	HG02106	HG02105	HG02104	HG02120	HG02121	HG02122	HG02126	HG02127	HG02128	HG02129	HG02130	HG02131	HG02132	HG02133	HG02134	HG02135	HG02136	HG02137	HG02145	HG02144	HG02143	HG02148	HG02147	HG02146	HG02222	HG02220	HG02221	HG02225	HG02223	HG02224	HG02229	HG02230	HG02231	HG02234	HG02232	HG02233	HG02237	HG02235	HG02236	HG02240	HG02239	HG02238	HG02257	HG02256	HG02255	HG02258	HG02315	HG02314	HG02261	HG02260	HG02259	HG02273	HG02272	HG02271	HG02279	HG02278	HG02277	HG02280	HG02308	HG02307	HG02287	HG02286	HG02285	HG02293	HG02292	HG02291	HG02300	HG02298	HG02299	HG02316	HG02318	HG02317	HG02321	HG02282	HG02281	HG02451	HG02450	HG02449	HG02463	HG02462	HG02461	HG02466	HG02465	HG02464	HG02492	HG02491	HG02490	HG02495	HG02494	HG02493	HG02514	HG02513	HG02512	HG02523	HG02522	HG02521	HG02526	HG02525	HG02524	HG02563	HG02562	HG02561	HG02572	HG02571	HG02570	HG02575	HG02574	HG02573	HG02584	HG02583	HG02582	HG02587	HG02586	HG02585	HG02590	HG02589	HG02588	HG02596	HG02595	HG02594	HG02602	HG02601	HG02600	HG02605	HG02604	HG02603	HG02612	HG02611	HG02610	HG02615	HG02614	HG02613	HG02622	HG02621	HG02620	HG02625	HG02624	HG02623	HG02630	HG02629	HG02628	HG02636	HG02635	HG02634	HG02644	HG02643	HG02642	HG02647	HG02646	HG02645	HG02650	HG02649	HG02648	HG02653	HG02652	HG02651	HG02656	HG02655	HG02654	HG02659	HG02658	HG02657	HG02662	HG02661	HG02660	HG02668	HG02667	HG02666	HG02677	HG02676	HG02675	HG02680	HG02679	HG02678	HG02683	HG02682	HG02681	HG02686	HG02685	HG02684	HG02689	HG02688	HG02687	HG02692	HG02691	HG02690	HG02698	HG02697	HG02696	HG02701	HG02700	HG02699	HG02704	HG02703	HG02702	HG02717	HG02716	HG02715	HG02723	HG02722	HG02721	HG02726	HG02725	HG02724	HG02729	HG02728	HG02727	HG02735	HG02734	HG02733	HG02738	HG02737	HG02736	HG02761	HG02760	HG02759	HG02764	HG02763	HG02762	HG02770	HG02769	HG02768	HG02773	HG02772	HG02771	HG02776	HG02775	HG02774	HG02785	HG02784	HG02783	HG02788	HG02787	HG02786	HG02791	HG02790	HG02789	HG02794	HG02793	HG02792	HG02800	HG02799	HG02798	HG02806	HG02805	HG02804	HG02809	HG02808	HG02807
chr1	10497	MantaBND:1:1167:17515:0:0:0:0	C	[chr15:101980257[C	34	MaxDepth	SVTYPE=BND;MATEID=MantaBND:1:1167:17515:0:0:0:1;IMPRECISE;CIPOS=-201,202;BND_DEPTH=269;MATE_BND_DEPTH=107GT:FT:GQ:PL:PR	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	0/1:PASS:34:84,0,353:24,8	0/0:HomRef:48:0,0,0:0,0	0/0:HomRef:48:0,0,0:0,0	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.

So the question now, is how can I arrive at something that looks like:

chr1	54719	MantaINS:6:0:0:0:0:0;MantaINS:8:0:0:0:0:0	TC	TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT	741	PASS	SVTYPE=INS;SVLEN=56;CIGAR=1M56I1D;PctSeqSimilarity=0.9769;AC=3,HomAlt=0

Thanks for any input!

-Phil

[ACEnglish]

Hello,

I generally use bcftools +fill-tags to populate AF information (link). You may also be interested in truvari anno gtcnt and possibly truvari anno grpaf (link).

And just to make sure it's clear because I feel like the names may be confusing: What you're calling 'collapsed' are variants which had their genotypes consolidated into a variant inside the output. So, output isn't so much 'non-collapsed' as the 'kept' representation. But I think you know that.

Have a great day,
~/Adam English